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常奸舌准确度(不是精度),读长对基因组的组装有重要影响: 理论上,如果生物基因组没有重复、杂合的影响,即使短序列(30~40bp)的也能够完美的组装出其基因组。但是考虑二者的影响(测序错误造成影响某种程度与杂合类似)则仅仅利用短reads来组装是不现实的,因此还需要大片段文库(bac, fosmid)来辅助组装,而大片段文库主要还是传统的方法,这就是主要的成本所在(1s M~10s M rmb),当然比10年前成本已经大为降低。 3代测序其中一个优势就是解决2代读长过短的缺点,因此理论上,如果reads长度能跨过repeat region的长度,则理论上就能够实现基因组的完美组装,之前有人(可能是Myers,不太记得)认为>10kb的片段足够跨越任意repeat region。除此之外,2代通常在GC含量高或低的区域存在bias(sanger测序也有这样的问题),这样一个后果是造成基因组某些区域无法检测到从而造成基因组的不完整,3代在这一点上也是号称无GC content bias. 当然,虽然3代目前吹的天花乱坠,但是实际应用中的也就PacBio(ion torrent算2.5代),其通量现在无法与illumina比,另外其reads的质量之差可以用丧心病狂来形容(> 15%),其矫正仍需要2代的reads,不过相应的软件太少,而且最要命的是慢的要死(我们自己的项目32 core已经跑了4个月还是没有结果),而直接利用raw reads拼接的软件几乎没有(需要重新设计实现高容错度),因此PacBio目前也只用在少数细菌基因组,老实说,没有人会对细菌的组装感兴趣吧。 最后,以发展的眼光,3代迟早会取代2代,如果真有这一天,会带来很多改变,对搞bioinformatics的人来说,研究基于De brujin组装算法的人会失业,主流拼接算法又会回到overlap-layout-consensus,后者实现起来更简单,速度更快,结果会更好。当然,如果某一天,长度达到基因组全长,搞拼接算法的人会集体失业。2023-06-15 14:29:20
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阙枰基因工程和基因组编辑有什么区别 基因工程和基因组编辑之间的主要区别在于,基因工程涉及将外来遗传物质引入基因组,而基因组编辑不涉及引入外来遗传物质。 随着分子遗传技术的发展,科学家们利用不同的技术来操纵不同生物和植物的基因组,以获得所需的性状。 这些特征涉及农业的发展和新的研究结果。 基因组的操作以不同的形式进行。 基因工程和基因组编辑是参考基因技术的分子生物学领域中使用的两种此类技术。 什么是基因工程? 基因工程是一种对 DNA 或 RNA 进行人工操作、修饰和重组以修饰具有所需特征的生物体的技术。 基因工程涉及不同的应用领域,例如研究、农业和生物技术。 在农业中,基因工程为获得具有良好性状的不同作物品种提供了平台。 这些性状包括具有高营养价值的产量、抗病性、抗旱性、抗虫性、延长保质期等。 在研究领域,基因工程提供了一个平台,可以根据不同的方面在研究中获得理想的性状。 基因工程包括三种不同的技术:质粒法、载体法和基因枪法。 在这三种方法中,质粒方法是基因工程最常用的方法。 什么是基因组编辑? 基因组编辑是一种通过 DNA 插入、删除、修饰和替换来改变植物、细菌和动物的 DNA 的技术。 在基因组编辑过程中,不会将外来遗传物质引入基因组。 进行基因组编辑以改变植物或生物体的物理特征,从而产生不同的益处并降低感染和其他疾病状况的风险。 科学家通过不同的技术进行基因组编辑。 基因组编辑更快、更便宜、更高效。 基因组编辑允许研究科学家模拟 DNA 修复的自然过程。 使用最广泛的基因组编辑工具是 CRISPR/Cas9,它是了解基因功能的有力工具。 CRISPR/Cas9 代表成簇的规则间隔的短回文重复。 除此之外,其他基因组编辑工具包括锌指核酸酶 (ZFN)、转录激活因子样效应核酸酶 (TALEN) 和大范围核酸酶。 这些技术是基因组编辑的先进方法。2023-06-15 14:55:56
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