其实从简单来说的话，就是一般存款是自愿存款，也就是存款人自愿去存的，而同业存款是基金公司、保险公司、券商公司等非银金融机构存在银行的存款。

从银监会考核的角度来说，同业存款和协议存款最大的区别是，同业存款不计入贷存比考核，但是协议存款纳入贷存比考核。协议存款有降低存贷比、扩大存款规模的好处，所以可以看到一般银行在月末考核贷存比的时候，比较需要协议存款。同业存款的作用一般是两种，一是做为准备金，二是用来配备同业资产来补充头寸，因此可以视同银行的现金资产。

当一家金融机构满足存贷比的约束下仍有大量流动性，却没有足够生息资产时，如何对冲负债成本与负债增值成为重要问题，此时出现了存放同业。作为资金接收方的金融机构配置同业存放款项用于多项生息资产，实现资本的增值。因此同业存款的作用和协议存款有很大的不同。

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